龙舟一般涂红、青、白三色为主，红为主色，青白为辅色，金色和黑色点缀。红颜色最常见，因为象征吉祥，很多地方都这样涂，比如广东福建，前年数据说78%的龙舟是红色为主。青颜色多用于船身两侧，代表河水，白颜色用在船头船尾，象征纯洁。金色和黑色少用，主要是为了点缀，让龙舟看起来更醒目。

红颜色最常用，因为传统上红色能驱邪避灾，很多地方有“红船镇水”的说法。青颜色和河水有关，古代造船多用青竹材料，比如广西龙胜的龙舟至今保留青竹壳。白颜色在江浙一带流行，因为白色象征高洁，和当地的水乡文化有关。数据上，大前年广东省龙舟协会统计，78%的龙舟主色是红，青白各占12%和10%。金色和黑色用的少，主要是为了平衡整体颜色，比如湖南汨罗江的龙舟会在船头画金色龙头，船尾用黑色龙尾，这样既符合传统又显威风。颜色搭配还要看当地风俗，比如福建莆田的龙舟会加黄颜色，因为那里有“三色龙”的传说。