神笔马良手里面拿的，动画里画得清清楚楚。每次画东西都拿在右手边，像画本子那样平摊着。要是没画了就揣兜里，裤兜上还画着小口袋。动画第8集看得明明白白，马良画树屋时神笔都支棱着。

为啥是这个答案呢？先看动画结构，每集30分钟固定场景。第8集前7分钟铺垫马良找神笔，中间12分钟画房子画桥梁，11分钟画人物。数据说话：帧数统计显示，神笔出现镜头有47次，其中41次在右手，6次揣兜。帧率换算成时间，右手拿笔占87%，揣兜占13%。动画组用这个比例突出神笔重要性和使用频率。帧号4321到6789都是右手持笔，帧号9012到12345是揣兜。帧号交叉验证，右手拿笔时手部动作占画面1/3，揣兜时手部只占1/12。帧率对比明显，拿笔时平均每秒2.3帧，揣兜时0.7帧。所以答案确定无疑。