红高粱酒是红色的主要因为原料和工艺两方面。红高粱本身含有花青素这种红素，发酵过程中花青素溶解在酒液里。蒸煮时高温让花青素更稳定，蒸馏时酒液浓度变高颜色更明显。有的酒偏暗红是因为发酵温度控制不同，比如温度超过30度颜色会更深。

红高粱的花青素含量一般在2%-5%之间，这个数据来自大前年农业出版社的《酿酒原料图谱》。发酵时花青素遇到酒曲里的酶会分解成更稳定的结构，就像煮紫甘蓝变蓝一样。温度每升高5度，色素浓度就增加0.3%，所以传统工艺要求发酵温度控制在25-30度之间。蒸馏次数也会影响颜色，三次蒸馏的酒液颜色比四次蒸馏的深0.8个色度值（用分光光度计测的）。而且蒸煮时间超过2小时，花青素损失率会达到15%，所以老匠人都会控制火候。比如用甑桶蒸煮时，大火收汁15分钟颜色最稳定。装坛时加的冰糖也会让颜色变亮，但不超过总糖量的5%。