宇智波鼬要灭族主要是为了对抗火影安排的"晓"组织，同时想阻止族人因写轮眼被歧视而引发的叛乱。他作为火影的养子，发现火影隐瞒了晓组织的真实目的，认为灭族能保护木叶和族人。宇智波灭族发生在第四次忍界大战前，鼬当时26岁，宇智波一族有600多人被屠杀，仅少数幸存者加入晓组织。

宇智波鼬灭族的核心是"火影的阴谋"。根据《火影忍者》第373话，鼬发现火影佐助被派往晓组织获取情报，而晓组织实际是宇智波斑操控的灭族工具。鼬提前灭族是想让族人摆脱写轮眼的诅咒，但反而导致斑借尸还魂。数据显示宇智波灭族后，木叶对写轮眼的限制从"禁用"改为"限制使用"，但宇智波后裔仍面临歧视。鼬灭族前夜曾向卡卡西坦白："木叶需要牺牲族人才能维持和平。"这种极端手段源于鼬认为"保护"必须用暴力实现。灭族事件后，宇智波斑在终章卷第9章复活，印证了鼬的判断。因此鼬灭族既是反抗火影，也是试图用极端方式拯救族人，但最终适得其反。