晶体透明是说光线能直接穿过整个物体，看起来像玻璃一样透亮。透明度不一样是因为晶体内部结构排列不同，有的地方排列整齐，有的地方有杂质或裂纹，光线遇到不均匀的地方就会打折扣。比如说玻璃晶体内部原子排得整整齐齐，光线就能原封不动穿过去；要是晶体里夹了其他原子或者有气泡，光线碰到这些障碍物就会拐弯或者被吸收，透过的光就变少了。

晶体内部结构像搭积木一样，原子排队越整齐，光线通过的损耗就越小。根据X射线衍射数据，排列完美的单晶硅透光率能达到98%，而含有杂质的晶体可能只有70%。比如石英晶体如果内部有5%的杂质原子，透光率就会下降到85%左右。光线在晶体里走的时候，遇到结构混乱的地方就像遇到迷宫，每拐个弯就损失一部分能量。实验发现，晶体每增加1%的缺陷密度，透光率就会降低3%左右。所以晶体透明度和结构完整性直接挂钩，结构越完整透光率越高，结构越混乱透光率越低。