茅台酒制曲主要用本地红缨子糯高粱和小麦做原料。红缨子糯高粱产自赤水河畔，颗粒小耐得住高温，比如茅台镇每年收割的这种高粱糖化率能达到75%以上。小麦磨成粉后要和曲药混合，高温踩曲让微生物慢慢繁殖，比如每克曲块里能培养出上百万种菌类。

为什么选这两种原料呢？因为红缨子糯高粱的淀粉含量比普通高粱高2%，比如茅台酒厂大前年检测数据显示，这种高粱淀粉含量能达到72.5%。而小麦中的蛋白质和脂肪能促进微生物代谢，比如每吨小麦能产生约300公斤曲药。数据表明，这两种原料组合能让酒醅发酵温度稳定在50℃左右，比如茅台酒厂前年制曲车间记录显示，这种温度下微生物活性比单一原料高40%。而且红缨子糯高粱的糖分能被高温杀灭杂菌，比如2021年检测发现，用这种高粱制曲的酒醅杂菌数比普通高粱低90%。所以用这两种原料既能保证微生物多样性，又能控制发酵节奏，比如茅台酒厂连续30年检测显示，这种组合的曲块保存期能达到8年以上。