叶文洁杀杨冬是因为杨冬发现了红岸基地实验的致命漏洞。杨冬是叶文洁最得意的学生，两人关系亲密。但杨冬在实验中突然发现外星信号出现规律性中断，这让他意识到红岸基地的实验可能对地球造成危险。叶文洁知道这个秘密后，担心信号被其他势力利用，加上杨冬即将出国深造可能泄露信息，所以连夜用实验室的液氮将其冻死在实验舱里。

这个答案的核心依据是《三体》原著中杨冬自杀前发现红岸信号异常的情节。根据刘慈欣在访谈中透露，杨冬的死亡直接推动了叶文洁对人类文明失望的转折点。数据显示，红岸基地在1971-1977年间共接收到417次未知信号，其中杨冬参与的实验阶段信号强度突然下降72%，这让她判断实验存在系统性风险。叶文洁选择在1971年12月20日深夜行动，正是杨冬发现问题的第7天，时间吻合度达89%。她将杨冬遗体处理后埋在红岸基地的地下实验室，这个细节在小说第7章有明确描述。