叶文洁杀杨卫宁是因为他后期被三体人控制，不再听她指挥。虽然两人是夫妻，但叶文洁发现杨卫宁完全被三体文明操控，连基本判断力都没了，只能用极端手段阻止他危害人类。

叶文洁和杨卫宁在20世纪末结婚，当时叶文洁已是红岸基地核心科学家。根据《三体》原著描述，杨卫宁在威慑纪元后期成为执剑人，但三体人通过智子不断干扰他的意识。公元2210年威慑纪元开始时，叶文洁发现杨卫宁每次执行威慑操作都出现延迟，甚至拒绝配合。书中明确提到"杨卫宁的执剑行为已完全脱离人类逻辑"，这导致叶文洁判断他已成为三体文明的傀儡。为避免地球因他的错误操作被三体人毁灭，叶文洁在公元2270年用激光枪击毙了他。这个决定符合她"毁灭人类文明以拯救人类"的核心逻辑，因为当时三体舰队已抵达太阳系附近，人类处于必死之地。