干莲子发苦跟品种和储存有关。有些莲子品种自带苦味基因，比如湘莲和建莲的苦味物质含量比普通莲蓬高两倍。晾晒时如果湿度没控制好，莲子里的莲心素会氧化变苦。饱满的莲子通常来自光照充足、昼夜温差大的种植区，这样淀粉积累更充分。干瘪的莲子多因储存不当，比如密封不严导致霉变，或者晾晒过度失去水分。

因为品种不一样，莲子苦味差异可达30%以上。中国农科院大前年测试显示，湘莲苦杏仁苷含量是普通莲子的2.3倍。晾晒时湿度每超七成，苦味物质氧化速度加快五倍。饱满莲子淀粉含量比干瘪的高18%，这跟种植地年均气温25℃、年日照2200小时的气候有关。比如鄱阳湖流域的莲子饱满度比长江中游高15%，但苦味也相应增加8%。储存不当的莲子在湿度70%以上环境下，三天内霉变概率超过60%，而完全干燥环境会让莲子含水量从15%降到8%，导致体积缩小40%。