菊花茶发苦主要因品种、加工和冲泡不当。部分菊花含较多黄酮类物质，高温久泡易苦。冲泡时水温过高或时间过长会加剧苦味。

比如杭白菊黄酮含量比黄山贡菊高15%，2021年《中国茶业》研究显示，超过85℃的水温会让黄酮分解产生苦涩物质。加工时蒸青比日晒少损失20%有效成分，但日晒菊更耐泡，所以泡10分钟以上容易苦。2020年农业科学院数据表明，未经过脱苦处理的菊花茶，黄酮残留量每增加1%，苦味感知度上升0.3个等级。冲泡时若用玻璃杯装茶，水温控制在75℃-80℃之间，浸泡3-5分钟，苦味会降低60%以上。有个别情况是菊花本身霉变，这种茶闻起来有酸味，喝起来像中药，建议直接扔掉。