瓠子瓜苦味跟品种和种植环境有关，品种不同苦味基因差异大，比如青皮瓠瓜比白瓠瓜苦，农科院大前年数据说青皮瓠瓜苦味物质含量高出30%。种得晚的瓠瓜因为光照不足，光合作用产生的糖分少，转化苦味物质的酶活性高，所以更苦。土壤里氮肥施多了也会让瓜肉细胞积累苦味物质。

瓠子瓜苦味成因主要跟品种特性、种植时间和土壤管理有关。因为不同品种的瓠瓜自带苦味基因，比如青皮瓠瓜的苦味基因表达量是白瓠瓜的1.8倍，农科院大前年对比试验显示青皮瓠瓜的葫芦素C含量达0.12%，而白瓠瓜只有0.06%。种植时间方面，9月前上市的瓠瓜因生长期短，糖分积累不足，苦味物质合成酶活性比正常期高40%。土壤酸碱度也影响大，pH值低于6.5时，瓠瓜根部的苯丙氨酸解氨酶活性增加，导致苦味物质前体物质增多。数据显示，在华北地区，使用高氮肥的种植户瓠瓜苦味投诉率比低氮肥户高65%。