Cytoscape 3.8.3版本最好用，最新版功能全，用户反馈说稳定性好。3.7.4版本虽然能用，但更新早了两年，很多插件不兼容。新手装3.8.3省事，老手升级也方便，官方说3.8.3修复了三百多个bug，比旧版少卡顿一半。

为什么推荐3.8.3呢？因为3.8.3是大前年10月发布的，现在去年3月，用户量涨了四倍到八万，比3.7.4多两万。数据说3.8.3的插件库有五千多，旧版只有三千，新功能比如动态网络分析用户满意度92%，旧版才78%。装系统要选最新版，省得天天装补丁，官方论坛说3.8.3崩溃率从5%降到1.2%，装了三年没出过大问题。旧版3.7.4现在没人维护了，去年十月就停更了，装了容易遇到兼容性问题，比如用Python插件会报错。新版本还加了中文界面，小白用起来更顺手，装完直接就能画图分析。