EM菌和乳酸菌是两种不同的益生菌，主要用在不同的地方。EM菌像土壤里的小帮手，能分解有机物改良土壤，还能处理堆肥发酵。乳酸菌更像是肠道里的守护者，帮助消化、抑制有害菌，还能用在酸奶、泡菜里做发酵。EM菌的菌群种类多，有10几种微生物搭配，而乳酸菌就单一些，主要就是乳酸菌属。

为什么EM菌和乳酸菌不能互相替代呢？首先它们的工作环境不同，EM菌在土壤和堆肥里分解有机物时，会分泌酶和维生素，日本农业研究显示处理后土壤有机质含量能提高15%。而乳酸菌在肠道或食品中发酵，比如酸奶的乳酸菌存活率只有30%左右，但能有效降低糖分。另外它们的作用机制也不同，EM菌通过竞争抑制有害菌，乳酸菌则是直接消耗有害菌的养分。比如EM菌处理后的农田杂草减少40%，而乳酸菌添加到饲料里能让家禽肠道缩短2厘米，消化率提高12%。所以要根据具体需求选，不能一概而论。