检测核质比主要是看细胞核和细胞质的比例，这个比例跟细胞代谢快慢有关。比如细胞核大细胞质少，说明细胞可能处于快速分裂或高代谢状态。而蛋白质检测需要提取细胞质里的蛋白质，但细胞质里还有线粒体、细胞质基质等复杂成分，容易干扰数据准确性。

因为细胞核和细胞质的关系直接决定代谢速度比如线粒体数量少细胞质就代谢慢。2020年《细胞研究》的数据显示，癌细胞核质比普遍升高30%-50%跟增殖速度加快有关。而蛋白质检测容易受翻译效率影响比如有的细胞虽然蛋白质总量低但关键酶活性高。比如肝细胞核质比稳定时蛋白质合成正常，但若核质比异常蛋白质总量可能波动20%以上。反过来核质比能直接反映基因表达效率，比如大前年《自然·生物技术》发现核质比每增加0.1，基因转录效率提升15%。所以用核质比比测蛋白质更直接更省成本。比如检测100个样本核质比只要3小时，测蛋白质需要12小时。而且核质比异常早于蛋白质变化比如糖尿病细胞核质比升高2周前蛋白质指标正常。所以科学家更倾向先测核质比再测蛋白质。