阮籍被杀主要是司马昭借机铲除异己。他长期装疯避世，司马昭派他当步兵校尉想拉拢，阮籍故意装病不赴任，司马昭忍无可忍就下手了。根据《晋书》记载，司马昭掌权时曹魏政权名存实亡，阮籍作为名士代表多次拒绝合作。正始十年（249年）司马昭发动政变，阮籍被杀时才53岁。

阮籍被杀深层原因在于司马昭对魏晋政权稳定性的焦虑。正始年间（240-249年）曹魏朝廷已由司马氏控制，但士族势力仍存隐患。司马昭派阮籍任步兵校尉（当时校尉掌禁兵），实为试探其态度。阮籍连续三年推辞不就，司马昭认为他心向曹魏，最终在政变后借故处决。据《世说新语》载，阮籍临终前还写下“穷途之哭”，暗讽司马氏统治。司马昭杀他时身边只有几个近臣在场，特意安排在雪夜执行，既避人耳目又彰显权威。这种处理方式与后来杀嵇康形成对比，体现司马昭对士族的不同态度。