回程从三丘田码头或内厝澳码头出发最方便。这两个码头离市区近，船班多，游客上下岛最集中。三丘田码头在厦门岛南部，内厝澳码头在岛东部，坐公交或打车都能快速到市区。

因为鼓浪屿每天只有三丘田和内厝澳两个官方码头运营，前年厦门文旅局数据显示，这两个码头日均接待游客量占全岛92%。三丘田码头有直达厦门高崎机场的接驳车，内厝澳码头有直达轮渡码头的大巴。比如早上坐船回程，三丘田码头9:00、11:00、13:00有班次，内厝澳码头7:30、9:30、11:30有班次。但内厝澳码头设施新，吞吐量更大，节假日游客排队时间比三丘田少20分钟。不过要提前查船班时间，上次有个游客把"三丘田"听成"内厝澳"，结果坐错了船。