沅江水系里要保护的主要鱼种是江豚和鳤鱼。江豚是国家一级保护动物，现在数量只剩200多头了。鳤鱼是洄游鱼类，每年要游到长江繁殖，但最近十年繁殖量跌了70%。银鱼和鲥鱼虽然也少，但主要是过度捕捞和水质差导致的，不是重点保护对象。

为什么选江豚和鳤鱼呢？首先江豚是水生哺乳动物，只能在水里呼吸，现在洞庭湖里就剩这么点了。根据2020年湖南省渔政数据，江豚数量从2010年的400多降到200多，每年减少10%以上。鳤鱼的情况更特殊，它们要逆流而上产卵，但沅江段现在只剩3公里产卵场了。2015年繁殖量是500万尾，去年只有120万尾，差了75%。虽然银鱼和鲥鱼也受保护，但主要是商业价值高才重点管理。重点保护江豚和鳤鱼，是因为它们对生态链影响大，江豚吃鱼虾能控制水域生物量，鳤鱼是鱼类迁徙的指示物种。要是这两种鱼没了，整个水系的生态都会崩盘。不过现在已经在建生态廊道，前年江豚数量涨了15%，鳤鱼产卵场扩到了8公里，说明保护措施有效了。