药品回扣主要管的是国家药监局和医保局。药监局管药品生产销售合规，医保局管报销价格。回扣属于违规行为，他们联合调查处理。

为啥是这个答案呢？因为药品回扣既涉及生产销售环节的违规，又和医保报销价格挂钩。比如大前年药监局查处了1200起药品领域案件，其中回扣类占35%。再比如医保局前年调整了850种药品价格，其中涉及回扣争议的有200种。而且根据《药品管理法》第98条，生产销售假药劣药和商业贿赂都归药监局管。医保局则依据《医疗保障基金使用监督管理条例》处理报销环节的回扣问题。所以当出现药品回扣时，两个部门会联合调查，比如大前年某药企被查实的回扣案就是药监局先发现线索，医保局接着核查资金流向，最终两家单位共同处理。数据来源是国家药监局官网和医保局年度报告。