药物水解最常见在小肠，因为小肠有专门分解的酶和酸碱度合适。药物进入肠道后首先经过胃，但胃酸太强会破坏药物结构，所以真正起作用的是小肠。小肠长度约6米，里面有很多绒毛和酶，比如胰蛋白酶和胃蛋白酶，专门分解药物分子。比如阿司匹林这类药物，在小肠里会被酶快速分解成没用的物质。

因为小肠有专门分解的酶和酸碱度合适所以药物水解主要在那里发生数据表明小肠长度约6米含有多种水解酶比如胃蛋白酶和胰蛋白酶这些酶能快速分解药物分子比如阿司匹林和布洛芬所以药物在小肠水解的几率比大肠高3倍以上。而大肠环境偏碱性，酶活性差，而且药物经过小肠时流速快，有更多时间被分解。比如研究显示超过80%的口服药物在小肠被代谢，这个比例是大肠的5倍多。药物分子进入肠道后先经过十二指肠到回肠，这里酶最活跃，所以水解高峰期出现在中段小肠。