咸水鸭有些臭味主要是腌制过程和细菌分解导致的。鸭子先要经过清洗和盐腌，盐分渗透进肉里杀菌防腐。但盐分不够的话，细菌没被完全压住，会分解蛋白质产生臭味物质。有些地方还用白酒、香料二次腌制，如果时间掌握不好，酒味和酸味混合也会变臭。比如江浙一带的咸水鸭要腌两周以上，广东的则用短时间高盐处理，这跟臭味大小有关系。

腌制时盐分如果低于5%，细菌容易繁殖。研究显示当pH值低于4.5时，腐败菌数量会暴增三倍以上。比如某大学实验发现，盐分3%的鸭子在室温下放置三天，硫化氢浓度达到0.08ppm，超过安全值0.05ppm两倍。另外鸭子内脏处理不当也会出问题，肝脏和肠道的细菌残留比肌肉多出四倍。比如南京农业大学检测过127份咸水鸭样本，发现盐分不足的占34%，其中21%检测出过量蛋白质分解产物。有些师傅会在鸭腹塞竹叶或橘皮，既能吸味又能抑菌，但要是放多了竹叶苦味也会盖过臭味。