绿豆糕颜色不同主要是绿豆品种和制作方法造成的。比如红皮绿豆含有更多花青素，经过高温蒸煮后颜色变深；而绿皮绿豆用低温烘焙，保留天然绿色。有些商家还会添加红曲米或甜菜红，让成品呈现不同色泽。

红皮绿豆的豆皮含有大量花青素，这种天然色素遇热会氧化变红。实验数据显示，红皮绿豆的花青素含量是绿皮绿豆的3倍左右（中国农业科学院2018年报告）。制作时若温度超过120℃，花青素会进一步分解，导致颜色发暗。而绿皮绿豆加工温度控制在80℃以下，豆皮中的叶绿素能稳定保持绿色。部分商家还会在绿豆糊里加5-8%的红曲米，这种发酵米曲霉代谢产物能精准调控红色度，让成品呈现均匀的橙红色。但过量添加（超过10%）会发苦，所以正规厂家都严格控制添加量。