全国有数万家会分成三大派系。会主要分、新教和三类。新教里又细分为家庭教会和三自教会两种。和数量较少，主要分布在少数民族地区。三自教会就是中国三自爱国运动委员会领导的教会，2020年官方统计有超过五万家。家庭教会则分散在各地，具体数字没有公开数据。

因为传入中国有两百年历史，不同时期发展出不同派系。最早在元朝传入，现在全国有约两千家堂区。在清朝传入，目前有三百多家教堂。新教是19世纪传教士带来的，分成三自教会和地下家庭教会。根据2020年《宗教事务条例》实施情况，全国登记宗教活动场所约二十六万处，其中场所占三分之一。三自教会通过合法注册管理，而家庭教会属于非公开组织。所以派系数量是官方登记数据和民间实际存在叠加的结果。比如在河南某地，官方登记的三自教会和实际存在的家庭教会加起来有近千家。而且会发展受政策影响大，2018年取缔的邪教组织“门徒会”就伪装成派系。要说明的是，现在很多家庭教会开始登记为三自教会，所以实际派系数量可能比官方数据少。但具体数字就像地下会的聚会人数一样，很难准确统计。