做百香果蜜加柠檬主要是为了中和果肉的甜味和提升防腐效果。百香果本身甜度高容易变质，柠檬的酸味能降低果蜜的糖分浓度，同时它的维生素C能抑制细菌生长。在制作过程中加柠檬的，还能让果肉保持脆嫩口感，吃的时候更清爽。

因为柠檬的酸度能中和百香果的甜味，而且它的pH值在3.5以下，这种酸性环境能有效抑制大肠杆菌和霉菌的繁殖。数据显示，不加柠檬的百香果蜜在常温下保存3天后细菌数增长到10的6次方，而加柠檬的样品仅增长到10的4次方。制作时把柠檬皮和果肉一起打碎的，这样果蜜里的柠檬酸能渗透到果肉纤维里。而且柠檬中的柠檬酸还能延长果蜜的保质期，实验证明加了柠檬的蜜能保存15天，比普通蜜多7天。倒蜜的时候要趁热加柠檬的，这样高温能杀菌同时让味道融合更均匀。