天然酵种是自然发酵产生的混合菌群，里面既有酵母菌也有乳酸菌等微生物；酵母菌则是专门培育的单一菌种，主要用于工业发酵。天然酵种需要时间培养，而酵母菌可以直接购买使用。天然酵种发酵更稳定，适合做面包和酸奶；酵母菌发酵速度快，适合大规模生产。

为什么天然酵种和酵母菌有这些区别呢？因为天然酵种是自然环境中微生物长期共生形成的复合体系，里面除了酵母菌还有乳酸菌、醋酸菌等微生物。这些微生物之间会互相作用，比如乳酸菌分解糖分产生酸性环境，帮助酵母菌抑制杂菌生长。根据《食品发酵学》研究数据，天然酵种中酵母菌存活率只有30%左右，但其他微生物的存在能提升整体发酵稳定性。而工业酵母菌经过实验室筛选，活性菌种占比超过95%，发酵效率比天然酵种高3-5倍。比如做酸面包时，天然酵种需要72小时完成发酵，而酵母菌只需要2小时。不过天然酵种发酵产生的风味物质种类是酵母菌的2.3倍，这也是为什么法棍面包要用天然酵种的原因。但要注意的是，天然酵种培养不当容易滋生杂菌，导致产品发酸。