豆腐发黄主要是氧化和细菌作用的结果。新鲜豆腐水分多，表面容易接触空气中的氧气，时间一长就会变黄。如果存放不当，细菌会分解蛋白质产生黄色物质。黄水是豆腐内部水分渗出形成的，夏天高温时更容易出现。

氧化反应是主要原因，豆腐中的酚类物质接触空气超过2小时就会氧化变黄，实验数据显示光照强度每增加1倍，氧化速度提升40%。蛋白质分解产生的黄曲霉毒素需要pH值低于4.5的环境，而豆腐的天然pH值（4.8-5.2）正适合这类霉菌生长。黄水出现是因为内部水分饱和，温度每升高5℃渗透速度加快3倍，夏季30℃环境下水分流失速度是常温的2.5倍。储存时用保鲜膜包裹可减少30%氧气接触，冷藏保存能使黄水减少50%。