阿胶块不容易熬化主要因为胶质分子结构太稳定，泡水时间短的话分子链还缠在一起。熬的时候火候不够大或者时间太短，分子链之间没完全断开。颜色发黑通常是因为熬过头了，高温把蛋白质烧焦了。要解决这个问题得先泡发再控制火候，用文火慢慢熬。

阿胶块泡发后胶质分子链会舒展成网状结构，但分子量大的胶原蛋白（比如超过1000道尔顿）本身活性低。熬制时温度超过120℃超过3小时，分子链会脱水收缩变硬，就像橡皮筋被晒干一样。实验数据显示胶原蛋白分子量每增加100道尔顿，熬制时间需要多15分钟。颜色发黑是因为焦糖化反应，当温度达到160℃时，氨基酸分解产生的美拉德反应物会让阿胶变黑。正确做法是先武火煮沸，再转文火保持微沸状态，这样既能分解分子链又不烧焦表面。有研究指出，用0.5mm厚度的阿胶块，在98℃下熬6小时分子链断裂率可达92%，而直接高温熬制时断裂率只有68%。