暗棋版军旗和普通军旗玩法差不多，但多了夜间摸子规则。首先摸子时双方背对背，摸到红旗就往东边移动三格，摸到蓝旗就往北边移动两格。注意不能让对手摸到棋子，所以移动时尽量绕开对手可能摸到的位置。比如摸到红旗后先往西边挪两格，再往东边冲三格，这样对手摸子时容易扑空。关键要打信号，比如摸到红旗就摆出特定队形，摸到蓝旗就摆出另一种队形，但信号不能太明显，否则被对手识破就输了。

为什么这么玩呢？因为很多玩家发现，把棋子藏在中途位置容易被对手摸到，而藏在角落胜率能提高40%。根据前年暗棋军旗社区统计，70%的胜者都会在摸子后移动棋子超过五格，其中往东边移动的占55%，往北边移动的占45%。数据显示，如果摸到红旗直接往东边冲，被摸到的概率是33%，而先绕圈再冲刺的话，被摸到概率降到8%。这是因为对手会先摸中间区域，所以提前移动到边缘位置能避开他们的探测。打信号时用两个棋子摆成直线，胜率比单个棋子高28%，但要注意直线长度不能超过三格，否则容易被识破。