杀手日记讲的是杀手通过一本神秘日记寻找猎人和完成隐藏任务的故事。玩家要扮演杀手角色，用日记里的线索追踪目标，同时发现系列前作没提到的秘密，比如老杀手的身份和猎人组织内部矛盾。

这本日记每页都藏着关键信息，比如第一章就提到要找的猎人叫“红发女人”，而第七章突然出现前作杀手“老刀”的死亡记录。游戏里共有12个隐藏任务，占主线任务的30%，但只有完成前5个才能解锁日记后半部分。数据显示，70%玩家在第三周才会发现日记的真正作用，而40%的人因为忽略第9页的地图标记错失最终奖励。其实日记本身是个陷阱，猎人组织故意留下破绽让杀手互相残杀，就像前作里说的“猎人永远在猎人身边”。