监狱战舰游戏1-3讲的是玩家指挥战舰逃离监狱，每关解锁新武器和敌人，比如第一关用铁锹挖地道，第二关打狱警队，第三关逃出监狱城。游戏设计像闯关升级，第一关主要是移动和找工具，第二关开始有攻击波，第三关敌人会放导弹和坦克，玩家得用火箭筒打爆它们。

因为游戏测试显示，玩家在第三关死亡率高达65%，所以设计师在第二关加了火箭筒，测试数据表明使用它通关率能提升40%。比如玩家平均用火箭筒打爆坦克要3秒，比用枪要快2秒，但冷却时间也长。第一关有50%玩家卡在挖矿那里，所以第三关提前加了氧气瓶补给点，测试反馈说这样顺利通关的人多了30%。游戏把监狱分成三层，每层敌人血量翻倍，比如第一层狱警50血，第三层狱警变成150血。玩家得先在第二层修好引擎，不然第三层没氧气跑不了。