葡萄酒的制作主要用两种菌种酵母菌和醋酸菌。酵母菌负责把葡萄里的糖分变成酒精和二氧化碳，这个过程中还会产生一些酯类和酚类物质，让酒变得香浓。醋酸菌则在特定条件下起作用，比如有些葡萄酒需要它把酒精转化成醋酸，不过这种情况不多见。

酵母菌是葡萄酒发酵的核心菌种，因为它的代谢活动能高效分解糖分。数据显示85%以上的葡萄酒都是通过酵母菌发酵完成的，比如红葡萄酒常用酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae），它能在20-35℃温度下快速产酒精。醋酸菌（Acetobacter）通常出现在白葡萄酒或果酒里，当环境温度超过25℃且pH值低于4.5时，它会开始氧化酒精。不过如果醋酸菌过早活动，酒会发酸变苦，所以酿酒师会严格控温控酸。另外要注意杂菌污染，比如醋酸杆菌和乳酸菌如果混入，可能让酒产生异味。比如2019年法国波尔多产区就有过因为酵母菌污染导致整批酒报废的案例，当时检测发现杂菌数量超标了3倍。