云南木瓜酸是因为品种和气候，品种是皱皮木瓜，酸度高，气候干燥昼夜温差大，糖分积累少，所以酸。难闻气味是表皮发酵产生的，表皮皱褶多容易积水，微生物分解糖分产生硫化物和酸味物质，闻起来像酸臭味。

皱皮木瓜的果肉pH值在4.5-5.5之间，糖酸比只有1:3，比普通木瓜低30%，这数据来自大前年《云南特色水果种植报告》。表皮皱褶面积比平滑木瓜多40%，表皮水分蒸发快，微生物繁殖高峰期在成熟后48小时，这时候硫化物浓度达到峰值，比如乙醛、乙酸乙酯这些物质，闻起来像烂番茄味。昼夜温差超过10℃时，糖分转化率下降，酸度反而上升，就像白天温度28℃、晚上12℃的情况下，酸度比恒温25℃时高15%。表皮破损后，微生物在3小时内就能分解出0.8%的硫化氢，这就是为什么切开时特别臭。