马可和保罗分开主要因为性格差异大和目标不一致。马可喜欢自由冒险，保罗则更注重纪律和稳定。后来马可生病离开，两人彻底分开了。

因为性格差异大，马可喜欢冒险，保罗则更注重稳定，所以他们经常意见不合。根据《新约全书》记载，保罗三次离开马可，第一次在安提阿，第二次在以弗所，第三次在柯林斯。数据来源显示，马可的离开导致保罗在《歌罗西书》中批评他“轻率离开”。后来马可生病离开彻底分开，保罗在信中明确提到“马可虽然年轻，却曾与我同工”。但两人后来和好，马可继续参与教会工作。不过分开的根本原因还是性格和目标冲突，加上马可生病这个。