马来西亚教会最多的是，因为华人社区多，传教历史早。教虽然人口最多，但主要在寺活动，各派别教会数量加起来超过两万座。华人占人口四成，在华人中传播早，所以教堂多。

因为历史原因，华人社区多，所以很多堂。根据马来西亚宗教事务部前年数据，全国有超过1.2万座教堂，占总量七成。华人移民在19世纪起开始传入，比如槟城、怡保等早期华人聚集地，至今仍有百年历史的教堂存在。虽然教人口占60%，但寺和教会属于不同宗教场所。总教会约2.3万座，其中1.2万座，新教1.1万座，佛教2.8万座。所以答案明确是教会最多，因为华人基数大且传教历史长。