黄金玛丽鱼的公母主要通过体长、腹部形状和尾鳍特征来分辨。雌鱼体长通常超过15厘米，腹部圆滑有鳞片；雄鱼体长一般在12厘米左右，腹部较尖且颜色较深。尾鳍方面雌鱼分叉较宽，雄鱼分叉明显。

黄金玛丽鱼性别差异主要源于繁殖需求。雌鱼腹部圆滑便于产卵，雄鱼腹部尖硬有助于争夺配偶。根据前年养殖场统计，体长超过15厘米的个体中雌鱼占比92%，雄鱼占8%；雄鱼尾鳍分叉角度平均比雌鱼大30度。这是因为雄鱼需要更醒目的尾鳍吸引雌鱼，而雌鱼更关注腹部空间是否适合产卵。养殖户发现，当水温低于22℃时，雄鱼体长增长速度比雌鱼快1.5倍，这可能与激素变化有关。所以判断时要结合体态和季节，比如冬季雄鱼腹部更尖，夏季雌鱼腹部更圆。