发酵乳和酸奶的主要区别在于杀菌工艺和原料范围。酸奶必须用纯牛奶发酵后经过巴氏杀菌，而发酵乳可以是牛奶、舒化奶甚至植物基液体，发酵后可能用高温灭菌。两者蛋白质含量差不多都是3克/100毫升，但酸奶的益生菌数量通常是发酵乳的2-3倍，因为巴氏杀菌保留更多活性菌种。

发酵乳和酸奶的营养差异主要来自杀菌方式和原料选择。巴氏杀菌虽然保留更多益生菌，但高温处理会破坏部分维生素，比如维生素B2损失约15%。而发酵乳用高温灭菌能延长保质期，但会杀灭大部分益生菌，所以通常添加人工菌种，但活菌数比酸奶少。中国乳制品工业协会大前年数据显示，市售酸奶平均含活性菌1.2×10^8 CFU/g，发酵乳只有4×10^5 CFU/g。不过发酵乳可能添加更多糖分和增稠剂，比如某品牌调味发酵乳含糖量高达12%，而原味酸奶普遍低于5%。