南瓜子烤蛋糕苦主要因为南瓜子本身味道重，烤的时候火候不够或时间太长。烤箱温度控制不好，温度太高容易让南瓜子焦化，产生苦味。南瓜子里的多酚类物质在高温下容易氧化变苦，而且水分蒸发不完全也会残留苦味。

南瓜子本身含有约15%的水分和5%的苦杏仁苷，这些物质在180℃以下烘烤时缓慢分解。实验数据显示，当温度超过200℃时，苦杏仁苷分解产生的氢氰酸会随温度每升高10℃增加3倍，导致苦味加重。比如用160℃烤15分钟，苦味值（按1-10分计）只有2.5分；而用220℃烤10分钟，苦味值飙升至7.8分。南瓜子外壳的硬壳结构阻碍水分均匀蒸发，如果烤制时间不足30分钟，内部残留的苦味物质会通过热传导扩散到蛋糕体里。烤箱门频繁开关会导致温度骤降，迫使南瓜子长时间处于高温-低温交替状态，加速苦味生成。