山东博物馆主要有三个展馆，分别是常设展馆和两个专题展馆。常设展馆有山东历史文化展馆、齐鲁瑰宝展馆和鲁风雅韵展馆。专题展馆包括临时举办的特展馆和数字展馆，常设展馆占大部分，专题展馆会根据不同主题轮换内容。

山东博物馆的展馆数量是根据实际运营情况确定的。常设展馆有三个，分别是山东历史文化展馆（面积六千平方米）、齐鲁瑰宝展馆（展示两万件文物）和鲁风雅韵展馆（重点介绍齐鲁文化）。专题展馆有两个，一个是特展馆（年均举办十二场展览），另一个是数字展馆（使用VR技术展示文物）。根据前年统计数据显示，常设展馆占馆内展览总面积的65%，专题展馆占35%。这样设置既能保证基本文化展示，又能灵活应对临时展览需求。比如最近在特展馆举办的"海岱遗珍"展，就用了专题展馆的全部空间，展出了八百多件新发现的文物。