咸鸭蛋煮制时盐分渗透进蛋清和蛋黄里，盐把蛋清里的水分都吸出来了，水分少了蛋白质就黏在一起变成糊状。蛋黄里的脂肪和盐分结合后质地变硬，但蛋清因为水分流失太多，蛋白质结构被破坏了，所以不容易凝固。

因为咸鸭蛋的盐浓度太高了，普通蛋清凝固需要盐分在3%到5%之间，而咸鸭蛋盐水浓度能达到20%以上。高盐环境下，蛋清里的酶（比如溶菌酶）会被抑制，这些酶本来负责分解蛋清里的蛋白质，但盐浓度超过15%时酶活性会下降70%以上。蛋黄里的脂肪在盐水中会形成胶状结构，比如实验数据显示，当盐浓度达到18%时，蛋黄的持水性增加3倍，所以蛋黄反而更紧实。煮的时候蛋清失水速度比蛋黄快，蛋黄里的脂肪和盐分结合得更紧密，所以蛋黄能保持形状而蛋清就糊了。煮的时间太长的话，糊掉的蛋清里的蛋白质会进一步变性，变成半透明胶状物。