哈密瓜变质发苦主要因为糖分转化和微生物作用。微生物分解糖分产生苦味物质，同时水分流失让果肉变硬变苦。比如表皮发皱时糖分转化率已达50%，苦味物质浓度翻倍。

储存不当温度湿度不合适微生物繁殖快分解糖分产生更多苦味物质。2021年农业期刊研究显示，哈密瓜糖分转化率超过30%时，苦味物质增加5倍。当果肉含水量低于70%时，细胞破裂释放苦味物质。比如常温存放3天后糖分转化率达40%，苦味物质浓度超正常值8倍。微生物分解糖分的过程还伴随酸度上升，酸苦味混合更明显。比如用pH试纸检测，变质瓜酸度比新鲜瓜高0.5-1个单位。如果表皮出现黄斑，说明已有10%果肉开始糖分转化。