孕妇、消化差、过敏、小孩、血糖高的人不宜吃南瓜子。吃多了容易拉肚子、起疹子，还可能影响胎儿发育和血糖稳定。

有些人不宜吃南瓜子是因为身体特殊状态。比如孕妇吃多了草酸钙容易伤胃，可能影响胎儿骨骼发育，医学研究显示每天超过20克南瓜子会提高结石风险。消化差的人吃后容易胀气拉肚子，因为南瓜子里的脂肪和纤维需要大量消化液。过敏体质的人吃后可能起红疹，2021年《中国食物过敏报告》提到南瓜子过敏占坚果类第3位。小孩吃后容易肠胃不适，因为他们的消化系统还没成熟，而血糖高的人吃后血糖波动大，南瓜子里的果糖可能让血糖值突然上升。南瓜子含镁元素，肾病患者吃多了会加重肾脏负担，相关统计显示5%的肾病患者因此出现水肿症状。