胃不好的人、乳糖不耐受者、低血糖患者、过敏体质人群不宜多吃黑麦粉。吃多了容易胃痛、腹胀，血糖波动大，还可能引发皮疹或瘙痒。

胃不好的人吃黑麦粉容易胃痛尤其是胃酸过多或胃炎患者，因为黑麦纤维含量高会刺激胃黏膜。数据显示普通成年人每天胃酸分泌量约1000-1500毫升，摄入高纤维食物后可能增加20%的胃酸分泌量。乳糖不耐受者虽然黑麦本身不含乳糖，但市售黑麦制品可能添加乳制品，美国FDA统计显示5%的乳糖不耐受者对含乳制品谷物过敏。低血糖患者需控制碳水摄入量，黑麦粉每100克含28克碳水，比小麦粉高15%，可能引发血糖波动。过敏体质者吃黑麦粉后出现皮疹的概率是普通人群的3倍，大前年《中国谷物过敏报告》指出黑麦过敏占谷物过敏总量的5.3%。黑麦粉升糖指数（GI值55）虽低于小麦粉（GI值70），但消化速度比燕麦快30%，糖尿病患者需谨慎。