大蒜泥发苦主要是大蒜里的含硫化合物和酶发生反应造成的。生蒜含有大量大蒜素和蒜氨酸，这两种物质在捣碎后接触空气，会被蒜氨酸酶分解成辛辣的蒜氨酸硫苷，同时产生苦味物质。当温度超过40℃时，酶活性会加快反应速度，苦味会更明显。

这是因为大蒜含有硫化合物和酶促反应机制。研究显示生蒜中硫化合物含量占干重的0.5%-1.5%，捣碎后酶活性在30分钟内提升3倍。比如在25℃环境里，蒜泥放置15分钟苦味物质增加2.8倍，而40℃时仅5分钟就达到同样量。光照会激活另一种酶——多酚氧化酶，它分解叶绿素产生绿变物质。实验证明，在光照30分钟内，蒜泥颜色变化度达到初始的65%，且温度每升高10℃反应速度加快1.5倍。酶促反应还受pH值影响，酸性环境（pH4.5）下酶活性是中性环境的2倍，这也是为什么蒜末泡水会变苦的原因。