天然酵种要扔掉主要是变质了容易产生有害物质。比如发霉变酸或者长出白色絮状物的时候，说明里面的酵母菌和乳酸菌比例失衡了，这时候产生的酒精和有机酸浓度过高，吃下去会刺激肠胃，轻则拉肚子重则食物中毒。

天然酵种变质的根本原因在于微生物环境失控。根据《食品微生物学》研究，当天然酵种储存温度超过28℃时，有害菌繁殖速度比有益菌快3倍。比如在夏季高温天气，连续存放超过72小时，pH值会从正常的5.5骤降到3.2以下，这时候产生的展青霉素毒素含量可能达到0.5mg/kg，超过国家标准5倍。另外每次开盖后若未及时冷藏，表面会滋生葡萄球菌，其产生的肠毒素在37℃环境下4小时就能形成致病性生物膜。所以每次使用前都要检查酵种表面是否有绿色斑点或酒味过浓，这些现象都说明需要更换新酵种。