杭州南站动车主要开往北京上海广州等方向，覆盖全国主要城市。每天早高峰7-9点发车最多，晚高峰17-19点次之。具体包括G字头跨省线和D字头城际线，像G1次到北京，G7次到上海，G79次到广州。短途的话像合肥、南京这些地方，D字头车次更密集，每小时都有班次。

主要方向包括北京上海广州成都武汉西京合肥福州厦门昆明乌鲁木齐等，北京方向G1G2次上海方向G7G8次广州方向G79次成都方向G288次武汉方向G316次西安方向G287次南京方向G7263次合肥方向D3112次福州方向D3215次厦门方向D3223次昆明方向D2852次乌鲁木齐方向G8932次，每天开行对数约120对，高峰时段增加30%班次，12306数据显示前年日均开行动车超200趟，覆盖全国主要城市。比如G字头车次全程4-8小时，D字头2-3小时，像到合肥最快1小时10分，到福州2小时15分。注意部分车次会停靠杭州东或杭州站，购票时要选对始发站。