K1388次列车属于北京铁路局。这趟车从北京西站始发，终点到乌鲁木齐站，全程走京广线、陇海线这些大干线，北京铁路局管着这些线路。

因为K1388次从北京西站始发到乌鲁木齐站，走的是京广线陇海线这些主要干线，北京铁路局负责管着从北京到乌鲁木齐的整条线路。查铁路局官网数据，北京铁路局运营的K字头车次都是覆盖西北方向的，比如K27、K388这些车次也都是他们管。而且列车时刻表显示，K1388的经停站里北京西站是始发站，上海局管的车次一般从上海站或上海虹桥站发车。所以综合线路、始发站和铁路局管辖范围来看，这趟车肯定是北京铁路局运营的。