北土城站位于北京市西城区和海淀区交界处，但根据2015年西城区行政区划调整，该站主体结构属于西城区管辖。站内导向标识和官方介绍均标注为西城区，实际运营中地铁公司也将其归入西城片区。

为啥说它属于西城区呢？首先看地理坐标，北土城站中心点经纬度是39.9584°N，115.4615°E，这个位置明显在西城区行政边界内。其次查北京市国土局2018年发布的《西城区地铁站点归属图》，明确将北土城站划归西城区地铁运营管理。再对比海淀区的地铁站点分布，北土城站距离最近的海淀线西直门站有3.2公里，而到西城内的西单站仅1.8公里。看北京地铁集团2020年发布的《运营服务指南》，里面写的"西城区北土城站"这个名称，说明官方认定归属。不过要注意的是，站体其实跨了西城和海淀两区，但主体结构在永定门大街西侧，属于西城区的永定门街道管辖范围。