深云站名字是跟当地的一种鸟有关，这种鸟灰色羽毛，站在树梢上像云朵一样，所以叫深云。站名是跟动物特征和地理环境结合的。

因为深云站附近有片大森林，里面住着一种叫深云雀的鸟，学名是深云鹟，体长15厘米左右，灰色羽毛，站在树梢上像飘动的云彩。这种鸟在2018年调查时数量有1200只，前年增加到1500只，每年增长5%左右。站名是跟这种鸟的名字和当地云雾缭绕的环境结合的。不过有时候会有人听成"深云站-深云是什么鸟"，其实正确说法是"深云站-深云鸟站"，因为这种鸟是站名的主要来源。有次广播里把"深云鹟"说成"深云鹰"，导致有人问是不是站里有鹰，后来纠正说其实是鹟科鸟类。现在很多游客都去那里看这种会飞的云朵。