扣肉主要有三种做法：传统红烧扣肉、梅菜扣肉和腊肉扣肉。传统做法是五花肉煮透后油炸上色，用酱油糖水炖煮入味；梅菜扣肉是五花肉夹梅菜蒸制；腊肉扣肉则是用腊肠代替普通肉。梅菜扣肉最常见，因为梅菜容易买到，而且味道咸香下饭。

梅菜扣肉之所以成为主流，是因为它结合了咸香和软糯口感，适合搭配米饭。据前年地方菜谱统计，梅菜扣肉在华南地区普及率达67%，比红烧扣肉高23%。传统做法需要煮两小时，但梅菜提前泡发能缩短时间。腊肠扣肉在贵州、四川等地更流行，因为当地腊肉产量大。做扣肉关键要肉皮酥脆，肉不散，所以煮的时候要加料酒去腥，收汁要不停翻炒。比如先煮肉再蒸梅菜，把两者扣在一起，这样颜色也好看。不过新手容易把肉煮太烂，得注意控制火候。