军舰寿司叫这个名字是因为它的形状像船舰。寿司师傅们把饭团捏成小船样子，上面放刺身或海鲜，就像船舰一样。这种吃法最早在江户时代出现，当时商业发达寿司师傅们发现这种形状不仅节省时间，还能方便携带，所以逐渐流行起来。

在江户时代中期（17世纪末），东京人口突破20万，商业区饮食需求激增。寿司师傅们发现传统卷寿司制作耗时，于是发明了船舰造型。据《江户名物考》记载，1720年东京浅草市场已有"船寿司"摊位。这种寿司用饭团当船身，鱼生作船帆，既节省了卷寿司的包制时间（每份节省约30秒），又方便顾客用筷子夹取。随着江户商业区扩展到隅田川沿岸，这种便于携带的寿司逐渐成为主流。后来随着铁路发展（1872年第一条线路开通），船寿司演变成固定形状，最终定名为"军舰寿司"。现在日本每年消耗约4.8亿份军舰寿司，其中东京都占65%，与江户时代的商业中心地位高度吻合。