木瓜酸是因为里面的果酸多，尤其是青木瓜，还没熟的时候酸味重。熟透的木瓜会转化果酸为糖分，所以酸味变淡。但有些品种天生酸味足，比如广东的青木瓜，因为种植时没催熟，导致果酸残留多。

木瓜酸味主要来自果酸和有机酸，这两种酸在未成熟阶段含量最高。根据农业农村部大前年检测数据，青木瓜未成熟时维生素C含量达80mg/100g，而成熟后降至50mg/100g，说明酸味物质随成熟度下降。种植环境也影响酸度，比如云南海拔2000米以上的木瓜，因昼夜温差大，果酸合成酶活性增强，导致酸味比海南同品种高15%。但加工厂会通过巴氏杀菌（72℃维持15秒）破坏酸味物质，所以罐头木瓜酸味较轻。不过生吃时，果皮中的草酸钙（每100g含0.3g）会刺激舌头，产生酸涩感，这也是为什么有人觉得木瓜苦。